Spatial2GWAS：一个将空间转录组区域与GWAS性状联系起来的数据库

组织区域内基因表达的空间异质性对生物功能有重要影响，从而影响疾病发病机制。然而，空间解析的转录组与表型之间的系统性关联，特别是在复杂疾病中，仍然未被深入探讨。在此，我们开发了 spatial2GWAS (http://www.spatial2gwas.cn)，这是一个将空间转录组（ST）区域与GWAS性状关联的综合资源。在该数据库中，我们收集了来自五种技术的1196个ST切片（人类和小鼠）和涵盖18个表型类别的812个GWAS性状，识别出包含47 492个显著区域的29 701对ST切片-GWAS性状。功能分析揭示了与性状相关和无关的空间区域之间细胞类型组成、基因表达、GO/KEGG通路激活和细胞间通信方向的不同模式。该数据库提供了一个用户友好的界面，用于可视化空间区域和GWAS性状关联，支持通过切片和GWAS信息、高表达于GWAS性状相关基因的基因，以及空间区域的高级查询。Spatial2GWAS旨在系统探索复杂性状下的空间机制，并提供区域特异性生物功能和潜在治疗靶点的见解。该数据库架起了ST与高层次表型之间的桥梁，推动对复杂人类疾病中组织异质性的理解。