大肠杆菌中的基因组分析显示多核苷酸磷酸酶和RNase II在mRNA丰度和降解中的不同角色

先前的研究表明，在大肠杆菌中同时失活多核苷酸磷酸酶（PNPase）和RNase II（两者均为3' 5'外切酶）导致细胞活力丧失和部分降解的mRNA物种积累。为了帮助区分这两种酶如何在全球范围内影响mRNA的丰度和降解，我们进行了基因组范围的分析，使用rnb或pnp的缺失突变检测E. coli转录本的稳态水平。数据显示，在指数生长的细胞中，失活PNPase导致较多表达的mRNAs的稳态水平增加（17.3%），而失活RNase II则仅增加7.3%。相反，缺乏RNase II时大量E. coli mRNAs的稳态水平下降（31%），包括几乎所有的核糖体蛋白基因，表明该酶的一个主要功能是保护特定mRNAs不受其他核糖核酸酶的作用。通过12个个体mRNA的北方杂交分析确认了阵列数据。对个体mRNAs的稳态水平和半衰期的比较表明，某些转录本之间可能存在转录与mRNA降解之间的直接相互作用。此外，结果显示pnp-7点突变体和pnp delta 683缺失等位基因之间存在显著的表型差异。