Tracer l'origine et l'histoire de l'épidémie de VIH-2

Dans cette étude, nous datons l'introduction du VIH-2 dans la population humaine et estimons l'histoire épidémique du sous-type A du VIH-2 en Guinée-Bissau, le supposé origine géographique du VIH-2. L'histoire évolutive du virus de l'immunodéficience simienne de lignée sooty mangabey/VIH-2 a été reconstruite en utilisant les séquences de base de données disponibles avec des dates d'échantillonnage connues, et une échelle de temps pour cette histoire a été calculée en utilisant des méthodes de maximum de vraisemblance. La date du dernier ancêtre commun le plus récent des souches du sous-type A du VIH-2 a été estimée à 1940 +/- 16 et celle des souches B a été estimée à 1945 +/- 14. De plus, nous avons utilisé la théorie de la coalescence pour estimer les dynamiques de population passées du sous-type A du VIH-2 dans une population rurale de Guinée-Bissau. Des estimations paramétriques et non paramétriques du nombre effectif d'infections à travers le temps ont été obtenues pour un échantillon égal de séquences gag, pol et env. Nos estimations de l'histoire épidémique du sous-type A du VIH-2 en Guinée-Bissau montrent une transition d'une taille constante à une croissance exponentielle rapide autour de 1955-1970. Notre analyse fournit des preuves d'un transfert zoonotique du VIH-2 durant la première moitié du 20e siècle et d'une initiation épidémique en Guinée-Bissau qui coïncide avec la guerre d'indépendance (1963-1974), suggérant que les changements liés à la guerre dans les modèles socioculturels ont eu un impact majeur sur l'épidémie de VIH-2.