TPIA2：一个更新的茶树信息库，用于山茶花基因组学

山茶花属包含约200个物种，其中包括许多在制作茶、观赏花卉和食用油方面广泛使用的重要经济物种。本文介绍了一个整合了更多新颖的大规模基因组、转录组、代谢和遗传变异数据集以及各种有用工具的更新茶树信息库（TPIA2；http://tpia.teaplants.cn）。具体而言，TPIA2收录了目前可用的、组装良好的10个山茶花基因组及其来自山茶花三个主要部分的全面注释。新加入了350个不同茶树材料的大规模基因组重测序所获得的1500万个SNP和950个小插入缺失。同时实施了一个新颖的“变异”模块，以促进功能注释变异组数据的检索和分析。此外，新组装并添加了116个山茶花转录组，使山茶花基因的表达谱显著扩展到13个发育阶段和八种非生物/生物处理。更新的“表达”功能也已被实施，以提供山茶花的综合基因表达图谱。特别设计了两个新分析工具（如基因ID转换和群体遗传分析）以促进山茶花中的数据交换和群体基因组学。总体而言，TPIA2提供了多样的更新有价值的基因组资源和强大的功能，并将继续成为山茶花功能基因组学和群体遗传研究的重要门户。