儿童急性淋巴细胞白血病的综合遗传和表观遗传分析

急性淋巴细胞白血病（ALL）是最常见的儿童恶性肿瘤，具有反复出现的结构性基因改变。先前的DNA甲基化研究表明，表观遗传改变可能也很重要，但尚未对ALL中的遗传和表观遗传改变进行综合的全基因组分析。我们分析了137例B谱系和30例T谱系儿童ALL病例，采用DNA拷贝数变化和基因表达的微阵列分析，以及使用HpaII小片段富集的连接介导PCR（HELP）测定的全基因组胞嘧啶甲基化分析。我们发现ALL的不同遗传亚型具有明显不同的DNA甲基化特征，这些特征与基因表达谱显著相关。我们还鉴定出一个所有案例共有的表观遗传特征，与65%的这些基因的基因表达相关，这表明一组核心的表观遗传失调基因在淋巴转化的启动或维持中起着关键作用。最后，我们在多基因中识别出异常甲基化，这些基因也受到ALL中反复出现的DNA拷贝数变化的影响，表明这些基因的失活频率远高于仅根据结构基因组分析得出的结果。综合来看，这些结果表明，在ALL中，胞嘧啶甲基化存在亚型和疾病特异性变化，这些变化影响转录活性，并可能在白血病发生中发挥关键作用。