摘要 准确解决生物体之间的进化关系是进化生物学的基石，系统发育树作为这一目标的关键工具。虽然单基因系统发育广泛应用，但它们往往无法捕捉到进化过程的复杂性，尤其是在基因组复杂或变异的生物体中。由多个直系同源基因构建的连接基因比对提供了更为稳健的框架，但在基因组不完整或注释不足的分类群（如真菌）中生成这些比对尤为困难。为了解决这一挑战，我们介绍了Buscogeny（Busco系统发育），这是一款开放源代码的命令行工具，自动构建使用BUSCO衍生的单拷贝直系同源基因的连接基因比对和系统发育树。Buscogeny集成了多个关键功能，包括基因组质量评估、直系同源基因提取、多序列比对、缺口过滤和重组过滤，随后进行自动系统发育推断。通过允许用户选择不同分辨率的直系同源基因数据集并量身定制过滤阈值，Buscogeny能够适应密切相关和更远相关的分类群。我们展示了Buscogeny在细菌和真菌基因组的系统发育分析中的实用性，包括Alternaria等复杂群体，其中注释和基因组完整性差异显著。Buscogeny提供的简化可重复工作流程使基于BUSCO的系统发育推断对于跨学科的研究人员更为可及，从整个基因组数据中获得可靠的进化见解。
Webster 等人（周五）研究了这个问题。