一系列荧光核苷酸类的pKa值计算

核苷酸在生物系统中发挥着多样的结构和功能角色。理解核苷酸的基本性质对于其作为核酸功能化学探针的应用至关重要。随着核苷酸的改性来调整它们的荧光或结合特性，它们的物理性质如pKa也可能发生变化。与经典核苷酸不同，改性核苷酸在酸碱性质方面了解的较少。之前，已经确定了经典、自然修饰的和氮杂/去氮杂修饰核苷酸的理论pKa值。在本研究中，使用基于B3LYP密度泛函和6-31+G(d,p)基组的ab initio量子力学方法以及隐式-显式溶剂化模型计算了25种不同荧光改性核苷酸的理论pKa值（总共55个pKa值）。这些计算结果与已知的实验pKa值进行了比较。估算理论pKa值的能力将对荧光核苷酸的进一步开发和应用具有积极意义。