La base de données UCSC Genome Browser : mise à jour 2021

Depuis plus de deux décennies, la base de données UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu) fournit une visualisation de données génomiques de haute qualité et des annotations de génomes à la communauté de recherche. À mesure que le domaine de la génomique se développe et que de nouvelles données deviennent disponibles, de nouveaux modes d'affichage sont nécessaires pour s'adapter aux nouvelles technologies. Les nouvelles fonctionnalités publiées cette année incluent un affichage de carte thermique Hi-C, un affichage de trio familial phasé pour les fichiers VCF, et diverses améliorations de visualisation des pistes. S'efforçant de maintenir les données à jour, les nouvelles mises à jour des annotations de gènes incluent les gènes GENCODE, les gènes NCBI RefSeq et les gènes Ensembl. De nouvelles pistes de données ajoutées pour les génomes humain et murin incluent le registre ENCODE des éléments cis-régulateurs candidats, des promoteurs provenant de la base de données des promoteurs eucaryotes, et des annotations NCBI RefSeq Select et Matched d'NCBI et EMBL-EBI (MANE). Quelques semaines après avoir pris connaissance de l'épidémie de coronavirus, UCSC a publié un navigateur de génome, avec des pistes d'annotation détaillées, pour l'assemblage de référence de l'ARN SARS-CoV-2.