リボソームRNA除去方法の有効性と精度

リボソームRNA（rRNA）の除去は、メッセンジャーRNAやノンコーディングRNAなどの非rRNA分子の検出を強化するために使用されるRNAシーケンス分析の重要なステップです。しかし、異なるrRNA除去方法によってもたらされる効率と潜在的な偏りは十分に特性評価されていません。本研究では、寄生性線虫ストロンギロイデス・ラッティ（Strongyloides ratti）に対する性能を評価するために、3種類の市販のrRNA除去キット - QIAseq FastSelect、リボPOOL、Zymo-Seq RiboFree - を評価しました。私たちは、rRNA除去効率、発現遺伝子および転移因子の回収、スプライスリーダー配列と遺伝子のオペロン構造の検出を評価しました。Zymo-Seqは遺伝子発現の測定において最高の感度と最小限の偏りを示し、QIAseqは最も少ないrRNA除去と有意な差のある発現バイアスを示しました。私たちの発見は、特に寄生虫および非モデル生物に対するrRNA除去方法の経験的検証の重要性を強調しており、S. rattiおよび関連する線虫に最適な選択肢としてZymo-Seqを提案します。