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DNA 번역 프레임은 다음과 같은 여러 이유로 방해받을 수 있습니다: (i) 서열 결정 오류; (ii) 인트론 제거 및 가이드 RNA 편집과 같은 RNA 처리; (iii) 덜 일반적으로는 전사 중 폴리메라제 프레임 이동 또는 번역 중 리보솜 프레임 이동. 프레임 이동은 데이터베이스 검색 및 다중 정렬에서의 구조, 기능 또는 계통에 대한 추론과 같은 동종 서열을 포함하는 계산 활동을 자주 혼란스럽게 합니다. 여기에서는 단백질 프로필(한 개 이상의 정렬된 서열에 대한 잔여물 점수 매트릭스)을 DNA 가닥의 세 가지 번역 프레임과 비교하여 프레임 이동을 허용하는 동적 정렬 알고리즘이 보고됩니다. 이 알고리즘은 생물학적 서열 비교를 위한 새로운 패키지 WiseTools에 통합되었습니다. 단백질 프로필은 DNA 서열 또는 단백질 서열에 대해 비교할 수 있습니다. 프로그램 PairWise는 두 서열 입력의 정렬을 대화식으로 사용할 수 있습니다. SearchWise는 단백질 프로필 또는 DNA 서열을 통해 DNA 또는 단백질 데이터베이스에서 검색 조합을 수행할 수 있습니다. 프로그램의 일상적인 적용을 통해 서열 결정 오류로 인해 발생한 프레임 이동이 있는 데이터베이스 항목 집합이 밝혀졌습니다.
Birney et al. (Mon,)은 이 질문을 연구했습니다.