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CpG 섬이 메틸화에서 자유롭게 유지되는 메커니즘을 찾기 위해 우리는 마우스 아데닌 포스포리보실트랜스퍼레이스(aprt) 유전자의 상세한 조사를 수행했다. 이 가정 유전자는 유전자 프로모터를 포함하고 첫 두 엑손을 포함하는 CpG 섬을 가지고 있다. 우리는 이 섬이 모든 CpG에서 메틸화가 없음을 보여주며, 반면 가장자리 부분은 메틸화되어 있다. CpG 섬의 경계를 넘어선 메틸화의 상세한 패턴은 세포마다 다르다. 섬 지역의 생체 내 풋프린팅은 CpG 섬의 5' 가장자리에서 밀집된 세 개의 GC 박스가 Sp1에 의해 가장 확실히 점유되고 있음을 보여준다. 섬 지역 내에서 다른 풋프린트는 감지되지 않는다. Sp1 사이트의 삭제 또는 변이 유전자는 트랜스제닉 마우스 분석에서 CpG 섬의 de novo 메틸화를 유발한다. 따라서, 주변에 위치한 Sp1 사이트는 aprt 섬이 메틸화에서 자유롭게 유지되도록 하는 데 필요하다.
Macleod 외(2020)는 이 질문을 연구했다.