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Este protocolo descreve o método padrão LC-MS/MS ESI desenvolvido no Laboratório Nacional Lawrence Berkeley (LBNL) pela Metabolômica JGI e o Laboratório Northen do EGSB para analisar metabólitos polares (por exemplo, aminoácidos, ácidos nucleicos, açúcares, ácidos orgânicos, metabólitos primários, etc.) utilizando cromatografia de fase normal (HILIC-Z) acoplada a um Espectrômetro de Massa Thermo Orbitrap com fonte ESI. Este método robusto de detecção é facilmente reproduzido e adaptado a sistemas LC-MS/MS semelhantes para atingir resultados consistentes em conjuntos de dados de espectrometria de massa, promover comparabilidade entre laboratórios e experimentos, e permitir uma integração e análise de dados eficazes. Desde sua criação em 2018, este método foi utilizado para analisar dezenas de milhares de amostras experimentais, com muitos desses conjuntos de dados disponíveis publicamente no repositório de dados MassIVE1,2. Este método também foi utilizado para executar milhares de padrões de compostos para coletar tempos de retenção característicos, m/z e espectros de fragmentação. Isso forma a base do Atlas de Metabólitos Ambientais (EMA) do Berkeley Lab, um banco de dados usado para anotação confiante de metabólitos e disponível publicamente através do GNPS/GNPS23.
Louie et al. (Qui,) estudaram esta questão.