본 연구는 법인세법상의 환급 제한 규정인 ‘사실과 다른 회계처리 공제규정’의 적용 요건과 시점을 법리적으로 고찰하는데 그 목적이 있다. 특히 납세자가 경정청구를 한 이후에 관계 당국으로부터 제재조치를 받은 경우, 해당 규정을 적용하여 즉시 환급을 제한할 수 있는지를 실무적ㆍ이론적 관점에서 고찰하였다. 주요 논의의 핵심은 다음과 같이 요약된다. 첫째, 위 환급 제한 규정이 적용되려면 내국법인이 사실과 다른 회계처리로 인해 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 제재조치를 받아야 한다(제재요건). 본 연구에서는 제재요건의 충족 시점을 납세자의 ‘경정청구 시’로 볼 것인지, 과세관청의 ‘경정 시’로 볼 것인지에 관하여 법 문언, 입법취지, 납세자의 법적안정성과 예측가능성, 제재적 조세라는 특성을 중심으로 분석하였다, 검토 결과, 개정 전ㆍ후를 불문하고 제재요건은 경정청구 당시에 이미 충족되어 있어야 한다고 보아야 한다. 이러한 해석이 입법 당시 미처 고려하지 못한 사안에 대한 적용 배제 문제를 야기할 수 있으나, 납세자가 과다하게 납부한 세금은 돌려받을 수 있는 것이 원칙이며, 이를 제한하는 사실과 다른 회계처리 공제규정은 납세자에 대한 제재에 해당한다는 점을 고려하면 입법의 공백으로 인한 문제는 해당 규정을 보다 정교하게 개정하는 등의 입법적 개선을 통해 해결하는 것이 타당하다. 둘째, 2016년 법인세법 개정으로 환급 제한이 강화된 개정 공제규정은 법인세법 부칙(2016. 12. 20.) 제5조에 따라 시행일 이후 경정하는 분부터 적용된다. 제재요건 충족 시점에 관한 어느 견해에 의하더라도 소급과세 내지 부진정소급과세의 문제는 발생하지 않는다. 다만, 종전 공제규정은 ‘경정청구 시’가, 개정 공제규정은 ‘경정 시’가 옳다면 개정 법인세법 시행 이후 과세관청이 경정하는 분부터 개정 공제규정을 적용하도록 규정하고 있는 위 부칙 제5조는 소급과세금지원칙 위반에 해당할 뿐 아니라 과세관청이 정당한 이유 없이 처리를 늦추어 납세자에게 불리한 개정 공제규정을 적용하게 하였다는 점에서 위법하다는 비판을 피하기 어렵다. 마지막으로 본 연구에서는 사실과 다른 회계처리 공제규정의 입법적 개선 방안으로 두 가지 대안을 제시하였다. 우선, 경정청구 당시 제재조치는 없었으나 제재조치가 있을 것을 미리 알고 전략적으로 청구한 경우를 포섭할 수 있도록 보완 규정을 마련하는 방안이다. 나아가 일본의 입법례를 참고하여, 세액공제와 경정청구를 분리하고 과세 관청이 감액경정 시 세액공제 여부를 결정하도록 하는 전면적인 제도 개편을 제시하였다.
SeBin Lee (Mon,) studied this question.
Synapse has enriched 5 closely related papers on similar clinical questions. Consider them for comparative context: